Có một số hạn chế phổ biến trên Windows XP Professional x64 Edition.

• Không bao gồm NTVDM hay Windows on Windows, nên các ứng dụng MS-DOS hay Windows 16-bit không thể chạy.[17] Một số chương trình 32-bit cũ sử dụng trình cài đặt 16-bit sẽ không thể chạy được; tuy nhiên, sự thay thế cho trình cài đặt 16-bit ví dụ như ACME Setup phiên bản 2.6, 3.0, 3.01, 3.1 và InstallShield 5.x được mã cứng vào WoW64 để giảm thiểu vấn đề này.[18]
• Windows Command Prompt không ở chế độ toàn màn hình.[cần dẫn nguồn]
• Không hỗ trợ phông chữ Type 1.[cần dẫn nguồn]
• Không bao gồm thành phần Web Extender cho Web Folders (WebDAV).[19]
• Kiểm tra chính tả không có sẵn trên Outlook Express.[20]
• Âm thanh IEEE 1394 (FireWire) không được hỗ trợ.[21]